Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen berdiri sejalan dengan berdirinya IAKN Tarutung, dengan keluarnya Pepres No 10 Tahun 2018 tentang pendirian Institut Agama Kristen Negeri Tarutung sebagai perubahan bentuk dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri Tarutung. Ada 3 Fakultas yang berdiri seiring dengan berubah bentuknya sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Tarutung menjadi Isntitut Agama Kristen Negeri Tarutung yaitu Fakutlas Ilmu Pendidikan Kristen, Fakultasi Ilmu Teologia dan Fakultas Ilmu Sosial Humaniora Kristen. Fakultas Ilmu Pendidikan Kristen memiliki 5 Program Studi yaitu Program Studi Pendidikan Agama Kristen, Pendidikan Musik Gerejawi, Program Studi Pendidikan Kristen Anak Usia Dini, Program Studi Manajemen Pendidikan Kristen, dan Program Studi Pendidikan Penyuluh Agama.